前國家鍊金術師，在伊修瓦爾殲滅戰後轉而進行反政府活動的男子「冰凍之鍊金術師」艾薩克 麥克杜加爾，出現在中央。「焰之鍊金術師」萊馬斯丹與擁有機械鎧手腳的少年「鋼之鍊金術師」愛德華‧艾力克，以及其弟弟艾爾凡斯，奉大總統金布拉德雷之命前往緝捕。艾薩克在殺人的同時、卻也另有所圖似地在中央暗地活動，其目標究竟是…？

愛德與艾爾為讓溫柔的母親復活，挑戰被視為最大禁忌的「人體鍊成」，然而等待著兩兄弟的卻是過於巨大的代價。有一天，一名軍人出現在陷入絕望深淵的兩兄弟面前，他給這兩兄弟建議就是成為國家鍊金術師。為取回失去的東西，艾力克兄弟展開漫長的旅途！

愛德與艾爾聽說利奧爾有個使用「奇蹟之術」的教主而來到此地。該名雷特教教主哥尼羅所施展的鍊金術，竟違背等價交換的原則。為了探查真相，愛德與艾爾藉由當地認識的少女羅莎引領下與哥尼羅見面。

萊介紹「綴命之鍊金術師」修塔卡給愛德與艾爾認識，塔卡是在兩年前成功鍊成懂人話合成獸的生體鍊成權威。在愛德與艾爾到塔卡家尋找資料的期間，也與他女兒妮娜變得很要好。另一方面，面臨一年一度的國家鍊金術師查核日，則讓塔加感到相當焦慮。

令阿美利斯特利斯全國騷動，神出鬼沒、專挑國家鍊金術師殺害的神秘人物「傷疤男」出現在東都。愛德與艾爾在城裡巧遇傷疤男，就遭到傷疤男的攻擊、毫無轉圜的餘地。傷疤男的驚人武術與不可思議的「破壞的右手」，讓愛德與艾爾無法招架…。

為修復損壞的機械鎧，愛德、艾爾與阿姆士唐一起回到故鄉利正布爾。當他們在中途的車站休息時，阿姆士唐偶然看到一名男子。這名男子叫馬爾哥醫生，過去在軍方的研究所，研究應用在醫療方面的鍊金術，伊修巴爾內亂後卻突然失蹤。愛德一行人前往拜訪馬巴，得知原來他曾奉軍方命令研究過「賢者之石」的驚人事實。

愛德與阿爾來到國立中央圖書館第一分館尋找馬可的研究資料，但他們看到的分館卻已完全燒毀。為確認馬可的資料是否放在分館裡，在羅斯少尉的安排下，去見一名據說精通分館資料的少女‧榭絲卡。她證實那些資料確實是放在已經燒光的分館。正當愛德等人為此感到沮喪時，榭絲卡提出一個意外的妙計。

為探查賢者之石真相而潛入第五研究所的愛德，發現畫在地上的賢者之石鍊成陣。此時，身著盔甲的男子‧48號向愛德襲擊。另一方面，在研究所外等待愛德的艾爾，也遭到66號的攻擊。在激戰當中，他們發現一個意外的事實。原來48號跟66號竟和艾爾一樣，都是靈魂附著於盔甲上。

愛德在第五研究所的戰鬥中不僅損壞了機械鎧，身體也受重傷，立刻聯絡在利正布爾的雲妮前來中央修理機械鎧。此時，艾爾因巴利的一句話而心亂如麻。「自己的靈魂跟記憶，是否都是哥哥假造出來的？」－揮之不去的疑惑漸漸擴散開來，甚至影響他們從未動搖的兄弟之情…。

愛德與艾爾在病房裡，將第五研究所發生的始末告訴阿姆士唐與修茲等人。人柱、賢者之石的鍊成陣，以及擁有銜尾蛇刺青的一些人…但仍是謎團重重。此時，大總統布拉多萊突然出現在他們面前。他告訴愛德等人，即使是大總統也無法掌握軍方內部不太穩定的情形，並要求他們在事件明朗前不得輕舉妄動。雖然得到忠告，但敵人的魔爪仍伸向意外的人物…。

在雲妮的強烈要求下，愛德與艾爾也一起來到機械鎧技師的聖地「拉修山谷」。沒想到抵達後不久，作為國家鍊金術師證明的銀懷錶卻被名叫帕妮娜的少女偷走了。但也因此，愛德等人與帕妮娜，以及幫帕妮娜製作機械鎧雙腳的多明尼克、與他的家人產生意外的互動。雲妮看到多明尼克的機械鎧技術後，馬上表明希望拜他為師。就在此時，原已懷孕的多米尼克兒媳‧莎特拉，突然要生產了。

愛德與艾爾抵達達布利斯後，與久違的師父泉重逢。在見到泉沒多久，就從她口中得知父親賀恩漢的消息。當晚，愛德想起第一次見到泉時的事。母親過世後不久，愛德與艾爾為磨練自己的鍊金術，而死纏著泉要收他們為徒；沒想到等待著兩人的，卻是為期一個月的無人島求生訓練。兄弟是否能找出泉所言「一即是全，全即是一」的答案呢？

萊終於調回了中央。另一方面，被人造人打成重傷的傷疤人，也開始準備前往中央。此時，為了找回真理之門的記憶而暫住在泉家的艾爾，遇到了一群自稱知道艾爾秘密的詭異人士。艾爾後來才發現，原來這些人居然全部都是合成獸...。

在泉的擾亂下，讓愛德與格利特的戰鬥出現了轉機。沒想到此時肯格布拉多萊突然率領國軍衝入建築物，打算殲滅格利特與他的同夥。格利特原本打算派部下抱著艾爾逃走，結果卻遭到肯格布拉多萊的阻擋，並對人造人的格利特發動壓倒性的猛攻。在這場戰鬥中，格利特從布拉多萊的眼中看到了讓他無法置信的東西。

當傷疤人與尤基正準備出發前往中央時，一名神秘少女突然出現在他們面前。能夠使出「鍊丹術」這種不可思議法術的這名女孩，自稱是來自東方的大國‧新國，前來阿美利斯特利斯的目的則是為了尋找長生不老的方法。另一方面，為了修理機械鎧而來到拉修巴雷的愛德與阿爾，認識了一名倒在路上的少年‧林。他同樣也是來自新國，目的是為了得到賢者之石。當愛德被林問到關於賢者之石的事時，愛德卻謊稱他什麼都不知道。沒想到此時，愛德與艾爾的背後突然被人持刀抵住。

萊與巴利接觸後，漸漸掌握修茲遭到殺害的事件真相，萊的一連串行動最後也被人造人們發現。此時，與雲妮一起來到中央找修茲的愛德與艾爾，卻從在軍部見到的瑪利亞羅絲口中得知修茲已死的震驚消息。但此時雲妮已先行獨自前往休斯家…。

羅絲被當成殺害修茲的嫌犯，遭到軍方拘禁。眼看羅絲的處境越來越不利，沒想到巴利卻在此時襲擊了拘留所，剛好也把關在該處的林一併救出。在軍方下令格殺勿論的緝捕令後，愛德與艾爾為探求事件真相而前往中央司令部。沒想到馬斯丹已早先一步出現在羅絲面前，並朝著她發出火焰閃光。

由於馬斯丹的命令，留下艾爾在中央，愛德則與阿姆斯唐一起前往利正布爾。沒想到抵達不久就在布萊達的安排下，秘密前往傳說中的王都‧克塞爾克塞斯的遺跡。愛德經一番努力才越過大沙漠，並在該處與老胡重逢。愛德一行人在他帶領下前往遺跡的內部，沒想到卻意外地遇見了某個人。

馬斯丹對人造人策劃的作戰，即將進入最後關頭。巴利追尋自己的肉體而潛入第三研究所的地下，馬斯丹也與夏卜、艾爾等人一起進入，並分成兩路前進。夏卜與馬斯丹卻遭遭遇打算來收拾他們的賴斯黛，此時才得知人造人的真實身分與秘密。馬斯丹雖感到困惑，最後仍成功掌握一絲機會引起大爆炸，賴斯黛則灰飛煙滅。但在賢者之石驚人力量的加持下，復活的賴斯黛瞬間用矛銳利地貫穿夏卜與馬斯丹的身體。

愛德與艾爾的父親賀恩漢，回到久違的利正布爾。但愛德因不滿他讓母親杜麗莎受苦，而對他也相當不客氣。賀恩漢得知愛德兩兄弟曾做過人體鍊成後，以疑問的口氣說「那真的是杜麗莎嗎？」。隔天，賀恩漢離開村子後，愛德與皮納高前往老家的殘跡之處。目的是為了挖出自己所埋葬的罪孽證據－由人體鍊成做出的母親遺體。

愛德與艾爾到醫院探訪在與賴斯黛戰鬥而負傷住院的馬斯丹與夏卜，他們得知人造人的大本營居然也涵蓋了大總統官邸，這也對自己所面對之巨大存在感到寒顫。當兩兄弟正打算前往探尋人造人的秘密時，突然接到斯卡現身於中央的情報。

蘭芳遭布拉多萊砍傷，雖然林即時趕到，但仍被布拉多萊與桂杜尼逼到無路可走。另一方面，溫莉與葛蕾莎一起去修茲墳前掃墓，在回程的路上得知愛德與艾爾正與斯卡戰鬥中。溫莉急忙趕到現場，沒想到卻湊巧聽到斯卡正是殺害自己雙親的犯人之事實。

為緝拿人造人，將傷心的雲妮交給軍方保護後，愛德與艾爾打算與斯卡再戰一場。馬斯丹與福艾也趕往現場支援愛德兩兄弟。此時，林一邊抱著蘭芳，一邊設法躲過布拉多萊的猛烈攻勢。雖然麟勉強躲過眼前的危機，但仍無法甩掉奉布拉多萊之命前來追殺兩人的桂杜尼。蘭芳認為自己拖累了林，居然持刀朝自身…。

馬爾哥被人造人帶回他們的大本營囚禁，他認為這些人造人打算犧牲所有阿美斯多利斯國民，藉以構築「國土鍊成陣」。另一方面，愛德、艾爾與林雖設法阻止失控的桂杜尼，但桂杜尼能把所有東西吞下的能力，讓三人無計可施。在這場戰鬥中，林又感覺到存在著某些異樣的氣息。

愛德被桂杜尼吞了進去，回神過來才發現自己身處於一片漆黑、無止盡血海的不可思議空間。愛德雖在這裡遇見林，但兩人仍找不到逃出去的方法，不久他們又遇到一起被吞進來的安比。安比告訴他們這是桂杜尼的肚子裡，也是「父親大人」做失敗的真理之門，一旦進來就無法出去。

艾爾與小梅為去見父親大人，與桂杜尼一起前往人造人的大本營。途中湊巧被出來找小梅的梅與斯卡撞見，梅與斯卡決定跟蹤他們一起潛入地下。另一方面，在桂杜尼的肚子裡，安比顯現出真正模樣與愛德、林戰鬥。不過當愛德看到構成安比身體的人們的模樣，居然猶豫而被打倒。眼見愛德就要被安比吞下肚，意識朦朧的愛德這時突然想起克塞爾克塞斯的鍊成陣，想到從桂杜尼肚子裡逃出去的方法。

某個村子正在舉辦祭典，賀恩漢也在旁觀看。此時，一名年輕女子拿著酒來找他，她叫皮納高諾貝爾。皮納高與賀恩漢邊喝酒、邊談著這個國家的狀況與愛德兩兄弟的旅程。當酒酣耳熱之際，一名少女出現在賀恩漢面前，接著又有一名長相酷似賀恩漢的男子。他們身處的世界漸漸地產生扭曲…。

桂杜尼帶領艾爾與小梅來到了父親大人的所在處。那時桂杜尼的肚子突然裂開，愛德、林、安比從中冒了出來。兩兄弟雖對重逢感到高興，但隨即被父親大人的長相給嚇到，因為他居然跟兩兄弟的父親長得極為相似。父親大人雖善待兩兄弟，卻下令人造人殺了林。兩兄弟試圖反抗，仍因父親大人不可思議的力量而無法使出鍊金術，與林一起遭到制服。接著父親大人又說「格利德的位子還是空著的」，然後從體內取出賢者之石接近林。

被安比等人抓到的愛德與艾爾，在父親大人的指示下移交給中央司令部的布拉多萊。愛德兩兄弟進入房間後看到馬斯丹已經坐在房內，並從馬斯丹口中得知包含福艾在內的馬斯丹所有部下都被調職，以及軍方高層早已落入敵人的手中。愛德向布拉多萊表示，他不想成為父親大人計劃的幫兇，打算歸還國家鍊金術師的資格…。

愛德為歸還借來的槍，因此到福艾的公寓找她，也坦承自己在戰鬥中不敢開槍的事實。接著愛德又問了福艾是否曾感到槍很沉重，以及福艾奉命前往參加的伊修巴爾殲滅戰所發生的事。就在同時，被關在中央司令部地底的馬爾哥，正打算把軍部在伊修巴爾所做下的種種恐怖行為告訴斯卡。

愛德離開福艾那裡到街上與艾爾相遇。表示馬斯丹跟福艾在伊修巴爾戰後活下來，正為「達成目的的未來」行動，讓他們也重新下決心要身體恢復原狀。愛德還對艾爾提及與父親大人戰鬥時，在地上也不能使用鍊金術。因看到當時鍊丹術仍發揮力量而感到一線曙光。為想瞭解鍊丹術、隔天早上兩人去探查梅的去向…。

古拉曼與馬斯丹在修茲的墳前密會，馬斯丹將事件的始末全都告訴古拉曼，希望得到他的協助。另一方面，愛德一直無法掌握梅的行蹤，此時阿姆士唐前來告知梅他們已經往北方去了。愛德打算馬上出發去找他們，阿姆士唐給了愛德一封親筆介紹信，並要他抵達北方後首先去找素有「布利古斯的北壁」之稱號的布利古斯要塞駐守將軍。此時，艾爾也遇到一名意外的人物…。

金布里與搜索隊一行人，為追尋斯卡與馬爾哥的行蹤往西而去。在情報混亂的狀況下，金布里推斷斯卡打算由西往北前進。當晚，斯卡果真潛伏於往北行駛的貨物列車中。此時，金布里突然現身，並與曾在伊修巴爾戰交手的斯卡重逢。眼看殺死自己哥哥的兇手就出現在面前，斯卡的憤怒也在此時達到頂點。

好不容易抵達布里古茲要塞的愛德與艾爾，立即向當地的指揮官奧莉維亞表明自己前來的原委與目的，並希望能協助尋找梅。愛德與艾爾也被要求在找到梅之前，得在要塞內幫忙工作。奧莉維亞的輔佐官、也有著伊修巴爾血統的軍人邁爾茲，一邊帶路、一邊告訴他們奧莉維亞的行事作風，以及這個要塞的規則就是「弱肉強食」。途中，兩兄弟還遇見了被降職調到布里古茲要塞的法爾曼，沒想到此刻卻聽到從地底傳來陣陣的不正常的聲響。

奧莉維亞對於襲擊要塞的人造人斯洛烏斯，展開「布里古茲風格」的反擊，那就是利用能將一切為之凍結的布里古茲的自然環境。隔天，邁爾茲得知金布里住進附近的醫院，因而前往探望。這時，愛德與艾爾在斯洛烏斯挖掘的隧道內，將一切真相告訴奧莉維亞，他們也在對話中察覺到這個國家的成立，似乎有些異樣的地方。

賀恩漢一人佇立於毫無人煙的山裡。當他將手指刺進胸膛，從體內取出紅色血塊時，腦海裡突然想起昔日與家人的種種回憶。奧莉維亞正打算刺探軍方的企圖而配合雷文談笑之時，突然有人回報在司洛斯挖掘的隧道內進行搜索成員失去聯絡。

布拉多萊的策略是把雲妮被帶來布里古茲要塞。這也再度讓愛德與艾爾深深感到自己的存在，完全掌控在那些人造人以及敵人的手中。另一方面，為搜尋斷絕消息的搜索隊，伯嘉尼亞率領另一支隊伍進入司洛斯挖掘的隧道。雖然他們奇蹟似的救出兩名生還者，但他們身後卻有許多形跡詭異的影子悄悄逼近…就在同時，來到布拉多萊家的福艾也察覺到背後有異常的氣息。沒想到出現在那裡的竟是…

為捕捉斯卡，愛德、艾爾、雲妮、金布里以及邁爾茲斯等人來到巴茲庫爾。在分頭尋找的時候，愛德和艾爾避開軍方的耳目，打算獨自尋找斯卡及與他一起的梅。想不到遇上梅、馬爾哥和尤基等人。在聽尤基談到他過去故事的時候，與梅分開行動的斯卡那邊，則出現金布里的手下贊巴洛跟杰爾索。

經過一番奮戰，愛德與艾爾終於抓到了斯卡，沒想到雲妮卻幫這殺死父母的仇人療傷。另外，雖身上留著伊修巴爾人的血，但為「改變這個國家」而繼續留在軍中的邁爾茲，他的存在也讓斯卡的心境產生新的變化。在馬爾哥等人的懇求下，邁爾茲決定暫時釋放斯卡。當他們正在思考如何才能瞞過金布里的眼目，將雲妮與斯卡等人一起藏匿在布里古茲要塞之時，雲妮卻說出了令大家感到意外的方法。

奧莉維亞在布拉多萊的命令下，被召回了中央司令部。為尋找突破的機會，她刻意接近布拉多萊，並轉調至軍方高層。另一方面，與福艾在中央司令部的餐廳重逢的萊，透過福艾的暗號得知大總統之子賽利姆的真實身份。此時，在中央司令部的地底，父親大人正夢見著過去的那段日子。當時的克塞爾克塞斯王國仍非常強盛，從被稱為「23號」的奴隸少年的血而誕生的他，把這名少年的名字當作謝禮。

邁爾茲等布里古茲要塞的成員，試圖暗中殺死金布里及其部下。愛德提議希望能活抓他們，但反被邁爾茲斥責「你的那種天真個性，說不定會奪走你或伙伴的性命」。邁爾茲等人雖然試圖等到金布里落單時加以狙擊，但他們的計劃卻早已被金布里察覺，並在實行前遭到反擊。而且化身為合成獸的金布里部下達利奧斯與凱基爾，還向愛德發動攻擊…

雲妮等人抱著突然昏迷的艾爾，來到途中的山間小屋。他們在此休息，順便試著解讀斯卡哥哥的書。討論之間，梅在聽到醒來後的艾爾與馬爾哥的對話後，像是得到線索似的對斯卡哥哥的書做了一些動作，成功找出隱藏於其中的鍊成陣。沒想到，這個鍊成陣居然是…。另一方面，金布里在司洛斯挖掘的地道與派拉特相遇。派拉特命令金布里反過來利用布里古茲士兵的團結，在布里古茲刻下血紋。

馬爾哥等人躲在這伊修巴爾人的村落裡，安比從贊巴洛口中得知這個消息後也隨即前往。雖然馬爾哥與杰爾索等人試圖反擊，但馬爾哥仍被巨大化的安比抓住。安比一一說出馬爾哥過去犯下的罪行，並慢慢地加以折磨。不僅如此，安比還透露馬爾哥過去的部下，已經全被做成賢者之石之事。

艾爾一行在利奧爾與班賀恩漢重逢，艾爾也告訴班賀恩漢至今發生的事，以及愛德目前下落不明。此時，達利奧斯出現在北都的銀行，並領走愛德戶頭的錢。他在領完錢後就回到鎮上的醫院，沒想到卻被軍方人士暗中跟蹤。另一方面，比多為尋找格利特而潛入中央軍司令部的地底，在那裡遇見外表已變成姚林的格利特。

返回新國而來到尤斯威爾這東部城鎮的梅，受到當地居民的熱情款待。這也讓原本對自己要拋下阿美利斯特利斯的人們，獨自回國而猶豫的梅內心更感到掙扎。另一方面，愛德與達利奧斯為尋找艾爾而來到萊在中央的藏身之處，結果再次遇見暫時取回身體主導權的姚林。姚林向愛德傳達父親大人將在「終將到來之日」當天開啟真理之門的事。

在「約定之日」的前夕，雲妮回到了利正布爾的老家，沒想到卻意外地與愛德重逢。另一方面，與邁爾茲一起暗中來到東部的艾爾，在藏匿處再度發生靈魂與肉體拉扯回的感覺。由於這種感覺發生的間隔越來越短，也讓艾爾感到相當不安。在那時候，艾爾的行蹤居然被桂杜尼發現了。雖然艾爾想要逃走，但此時靈魂又開始遭到肉體的拉扯，終於陷入昏迷。

愛德一行在卡拿瑪這個部落與班賀恩漢重逢，班賀恩漢也告訴愛德關於他身體的秘密，以及父親大人打算在隔天發生的日蝕開啟真理之門等事。其後，愛德也將皮納高要他轉達母親杜麗莎的遺言給班賀恩漢。休息過後，愛德等人正打算啟程前往中央，突然艾爾出現在面前。雖然愛德很高興能與艾爾重逢，但格利特體內的姚林卻察覺到一股異樣的氣息。

愛德等人在重新復出的蘭芳的幫助下，一下子就反轉戰局。但在此刻，在另一地點與派拉特對戰的凱基爾，卻因不論怎麼攻擊都無法擊倒派拉特而陷入苦戰。不久周圍的燈光也漸漸亮起，讓原本被封住的派拉特的影子得以復活。另一方面，在聖誕節夫人的協助下，萊查出了賽利姆的真實身份。可是在他的背後，居然出現軍方的密探。

派拉特以無情的手段取得桂杜尼的能力，愛德等人也對那種能力束手無策，一轉眼就被逼到無路可退。此時，被帶到其它地方醒來的艾爾，當知道哥哥等人是因自己而身陷險境時，向賀恩漢提出一個計劃。賀恩漢為執行這項計劃，獨自前往挑戰派拉特。當他對派拉特發動攻擊的瞬間，繞到派拉特背後的艾爾也同時向前狂奔，試圖壓制派拉特。沒想到在最後一刻，反過來被派拉特抓到…

萊挾持布拉多萊夫人做為人質，對中央司令部燃起反叛的狼煙。原以為這場叛變會馬上遭到鎮壓，沒想到在萊一行人的巧妙攻擊，以及出乎意料的查理小隊等布里古茲軍助陣下，形成擴及中央全域的激烈巷戰。此時，萊等人與協助策劃這場叛變的某個人物相遇。這個人也告訴萊，其實還有一名暗中提供支援的意外協助者。

軍部上層終於解放出大量的人偶兵，他們不怕死，更不屈不撓，也咬死了本來應該遵從軍部上層的人。同時，一群人偶也朝著愛德他們襲來。另一方面，公然對軍部上層引起叛亂的奧莉薇前方，出現為了殺掉她而來的斯洛司，擋住了她的去路...

因為凱基爾的話，艾爾終於決定使用賢者之石。充分利用被關在石頭裡靈魂的力量，以派拉特和金布里兩人為對手，艾爾勢均力敵且展開憤怒的戰鬥。另一方面，由於阿姆士唐的參戰，緩和了奧莉薇與斯洛司的苦戰。但是沒多久，斯洛司拿出了「認真」的力量，所謂那個被隱藏的力量…

布萊達叛亂軍佔領了中央廣播電台。他們藉由廣播，向國民捏造事實，說明引起政變的其實是中央軍上層，而他們會採取行動去阻止。另一方面，愛德和斯卡們在中央司令部的地下和大量人偶兵戰鬥，萊和褔艾也趕到現場。之後，梅也和安比一起出現了。第一次見到安比的萊尋問「殺了修茲的是誰？」，而安現的回答是…

安比使用卑鄙的圈套，始終還是被萊和褔艾識破。已經到極限的安比，又再次變回小蜥蜴般的身體。怒火充斥的萊，打算給安比最後一擊。這時，褔艾舉槍制止了萊的行為。同時，擔心萊而急忙趕到的愛德和傷疤人，也告訴他「不能因贈恨和復仇而迷失自我」。看著眼前尋找多年的仇敵，最後萊找回了理智而沒有殺它...

伯嘉尼亞和布里古茲軍終於佔領了中央司令部。當時，還生存的中央軍士兵共同和大量的人偶兵作戰，阿姆士唐和奧莉薇也在其中。但是，原本已經不能動的斯洛司卻又再度開始活動，使他們受了重傷...

父親大人和賀恩漢正對峙著。賀恩漢使用龐大的時間，已經與自己體內53萬6329人的靈魂完成對話，並使用這些靈魂，打算從內部來破壞父親大人的身體。另一方面，返回到中央司令部正門口的布拉多萊，被布里古茲軍一齊射擊，不過，布拉多萊僅一個人就完全擊破了防守...

為了找到父親大人而沿著地下道前進的愛德和萊，在中途的大廳遇到了金牙醫生。那個醫生介紹自己是「製作了肯格‧布拉多萊的人」，他看到萊也在場，於是叫出了「說不定能變成布拉多萊」的男人，向愛德他們襲來。另一方面，在中央司令部入口和布拉多萊作戰的格利特和付爺爺，就算兩人聯合也無法打倒布拉多萊，結果最後反倒是付爺爺犧牲了...

由於付爺爺和伯嘉尼亞先前拚命的奮戰，再加上布里古茲兵幫助格利特，終於從城牆上成功打掉布拉多萊。而姚林聽了伯嘉尼亞的最後請求，藉助格利特的力量，一個人開始向中央兵猛攻。同時，愛德、艾爾和泉的腳下，出現了無數的影子手將他們拖入真理，最後一起出現在父親大人的面前...

在金牙醫生和萊激戰的地方，張梅和贊巴洛的援助攻擊一瞬間襲來。一下子就讓情勢使之反轉，然時此時，塞利姆和渾身是血的布拉多萊卻突然出現。布拉多萊取劍襲擊萊，刺穿了他的手並且固定在地上，之後，塞利姆以金牙醫生作為犧牲品，開始進行強制的人體鍊成...

五個人柱在父親大人的面前全部到齊。但是愛德和艾爾不放棄，和張梅一起，打算在國土鍊成陣發動之前擊敗父親大人和塞利姆。同時，在另一地，布拉多萊和傷疤人的戰鬥也開始了。雖然布拉多萊背負重傷，不過，攻速仍然凌駕傷疤人...

父親大人使用阿美利斯特利斯全體國民的生命，獲得了天上具有強大力量的門。他稱呼那個是「神的力量」。當時，所有人以為一切都已經沒有希望了；突然地，賀恩漢在各地植下的賢者之石，使鍊成陣開始發動了…

由於賀恩漢的策略，使父親大人失去了身體裡全部的阿美利斯特利斯國民的靈魂，不過，為了能使自己繼續保有神的力量，而開始襲擊周圍的人類，打算得到靈魂。倖存的布里古茲兵、萊和阿姆士唐，為了耗盡父親大人體內剩餘的賢者之石，而奮力展開攻擊...

賭上阿美利斯特利斯命運的最終決戰！

愛德、艾爾長久以來的旅途現在將邁向結束。